En esta aventura. juegas como Yu Narukami, el cual tras los eventos de Persona 4 Golden ha sido atrapado en el Dream World, donde la realidad está distorsionada. Luchando contra la amnesia y la desconfianza incluso hacia amigos cercanos, debe salvar a Rise Kujikawa, cuya alma está siendo corrompida. Para descubrir la verdad y liberarlos a ambos, debe enfrentarse a sus miedos más profundos y desentrañar los misterios del Dream World